Bên cạnh những thế mạnh về tài nguyên nhân văn, Yên Bái địa hình phức tạp gồm núi đất xen núi đá bị chia cắt mạnh tạo ra nhiều sông suối, núi non hùng vĩ với hệ thống hang động, hệ thống thực vật phong phú có thể tạo nên sự đa dạng các loại hình du lịch.
Theo Đề án phát triển tổng thể du lịch tỉnh Yên bái đến năm 2015 thì du lịch Yên Bái được chia làm 3 khu trọng điểm gồm: khu thành phố Yên Bái và dọc sông Hồng; khu du lịch hồ Thác Bà và khu du lịch miền Tây. Khu du lịch sinh thái hồ Thác Bà là một quần thể rất đa dạng và độc đáo tổng diện tích 19.050ha mặt nước với 1.331 hòn đảo lớn nhỏ, hồ Thác Bà được đánh giá là điểm du lịch có tầm cỡ quốc gia.
Hiện tại, hệ thống cơ sở hạ tầng kỹ thuật khu trung tâm đang được đầu tư xây dựng gồm khu khách sạn dịch vụ, khu công viên văn hoá, vui chơi giải trí, khu nghỉ sinh thái, khu thể thao, khu vườn thú tự nhiên. Khu du lịch miền Tây với Khu du lịch sinh thái Suối Giàng nằm trên độ cao gần 1.400m so với mực nước biển, khí hậu quanh năm mát mẻ, thuận lợi để phát triển du lịch. Suối Giàng còn nổi tiếng với rừng chè tuyết cổ thụ hàng trăm tuổi, một loại chè có hương vị rất đặc trưng. Đặc biệt, nơi đây còn giữ được những nét văn hoá độc đáo của người Mông phù hợp để phát triển các loại hình du lịch sinh thái, du lịch cộng đồng.
Ông Nguyễn Hữu Thắng – Phó giám đốc Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch Yên Bái cho biết: Du lịch sinh thái là loại hình du lịch mới đáp ứng được yếu tố hấp dẫn du khách và đảm bảo giá trị bảo tồn, do đó, phát triển du lịch sinh thái gắn với bảo vệ môi trường là định hướng đúng đắn của du lịch Yên Bái. Trong những năm gần đây, loại hình du lịch sinh thái tại Yên Bái đang phát triển, các khu điểm du lịch sinh thái đã được chú trọng đầu tư như Khu du lịch sinh thái hồ Thác Bà, Khu du lịch sinh thái Suối Giàng, điểm du lịch sinh thái Vũ Linh…
Tuy nhiên, sản phẩm du lịch sinh thái ở Yên Bái hiện mới chỉ là những loại hình du lịch thiên nhiên. Muốn thu hút được du khách, Yên Bái cần phát triển du lịch cộng đồng, du khách đến các khu làng dân tộc thiểu số có cơ hội tìm hiểu giá trị văn hoá bản địa như tập tục sinh hoạt sản xuất, lao động, tham gia vào hoạt động lễ hội, văn hoá dân gian, cùng người dân sản xuất các sản phẩm thủ công truyền thống, tìm hiểu kiến trúc nghệ thuật và thưởng thức các đặc sản ẩm thực truyền thống. Loại hình du lịch này đang được tổ chức thành công tại làng du lịch Ngòi Tu, xã Vũ Linh, huyện Yên Bình, làng du lịch văn hoá xã Nghĩa An thị xã Nghĩa Lộ, làng du lịch xã La Pán Tẩn huyện Mù Cang Chải…
Du lịch Yên Bái đang ở giai đoạn đầu khai thác, đây là điều kiện thuận lợi để áp dụng những nguyên tắc phát triển du lịch một cách bền vững ngay từ bước đầu, tránh tình trạng như ở một số khu điểm du lịch khác do khai thác quá mức, không có sự quản lý, hướng dẫn đã xâm hại nghiêm trọng đến nguồn tài nguyên thiên nhiên gây tác động ngược lại với môi trường du lịch và làm mất dần những giá trị văn hoá truyền thống. Để phát triển du lịch sinh thái mang tính bền vững, việc phối hợp giữa các cấp, các ngành trong khai thác, quản lý là hết sức cần thiết. Phải có những qui chế khai thác, hướng dẫn và kiểm tra sát sao đối với những điểm du lịch chuẩn bị xây dựng, cụ thể hóa trong việc qui hoạch, quản lý điểm du lịch sinh thái và luôn gắn lợi ích của cộng đồng với phát triển du lịch; qui hoạch có phân vùng chức năng trên địa bàn du lịch trọng điểm nhằm xác định cụ thể các khu vực, điểm cần bảo vệ nguyên vẹn, khu vực quy hoạch dự trữ đất đai, các khu vực cần phục hồi…/.
